Хирургия бөлімшесі құрамына: хирургия, урология, іріңді хирургия, торакальды хирургия, жаңа туған сәбилер хирургиясы кіреді. Дәрігер хирургтар балаларға мамандандырылған медициналық көмекті, оталарды, манипуляцияларды, диагностикалық зерттеулердің соңғы тәсілдерін қолданып емдеу жұмыстарын шұғыл және жоспарлы жүргізеді.
Бөлімшеде 3 ота жасау бөлмесі бар.Ауруханада: хиургиялық, урологиялық, ортопедия – травматологиялық оталар, нейрохирургиялық, оториноларингологиялық оталардың заманауи әдістерімен, түрлерін қолдана отырып оталар жасалады.
Бөлімше меңгерушісі – Мергазиева Гульмира Төрехановна
